Vuonna 1944 Viron kansa oli jakaantunut kahtia, sillä virolaisia miehiä oli sodan aikana pakkovärvätty niin Neuvostoliiton kuin Saksankin joukkoihin. Pian virolaiset sotilaat huomaavat taistelevansa omia maamiehiään vastaan. Riippumatta siitä, voittaako Saksa vai Neuvostoliitto sodan, Viro häviää varmasti. Kansainvälisesti menestynyt ja Virossa ennätykselliset katsojaluvut kerännyt näyttävä sotaelokuva kertoo tarinan vaietusta historiasta. Elokuva on herättänyt laajaa keskustelua myös Venäjällä, jossa sitä peilataan tämän päivän tapahtumiin.
Puhdistus on henkeäsalpaava jännityskertomus kahdesta naisesta, joita varjostaa ja yhdistää heidän oma häpeällinen menneisyytensä. Ikääntynyt Aliide Truu asuu yksin taloaan Viron maaseudulla 1992. Maa on itsenäistynyt edellisenä vuonna ja maareformi on alkanut. Eräänä iltana hän löytää pihaltaan nuoren naisen. Zara pakenee Venäjän mafiaa, joka oli pitänyt häntä seksiorjanaan. Molemmat ovat selviytyjiä. Aliiden mieleen nousevat repivät muistot nuoruuden traagisesta rakkaudesta ja valinnoista, jotka sinetöivät hänen lähimpiensä kohtalon.
