Raizo (Rain) on yksi maailman vaarallisimmista tappokoneista. Myyttinen salaseura pelasti hänet lapsena kadulta ja koulutti kylmäveriseksi palkkatappajaksi. Mutta menetettyään armottoman klaanin vuoksi ystävänsä, Raizo ryhtyy kostamaan kasvattajilleen.

Ninja Assassin on piinkova genre-elokuva, jonka tuotannosta vastaavat Matrix-trilogian tekijät.